圣殿骑士的战斗让艾吉奥成长起来。

他曾为了仇恨和愤怒而战，对着敌人的尸体控诉着罪行，现在他懂得了尊重生命在死亡面前，任何罪行都已经没那么重要了。

他开始背负起刺客的信念

当他人盲目追求真实时，记住，万事皆虚；

当其他人被道德和法律束缚时，记住，万事皆允。

躬耕于黑暗，服务于光明，我们是刺客。

现在他已经算的上是一个刺客大师了。

但故事才刚刚开始而已。

在威尼斯，艾吉奥再次遭到了圣殿骑士的陷害，被迫逃出城外。

第二年，艾吉奥在狂欢节的时候再次回到了威尼斯，人群中艾吉奥使用达芬奇通过阿泰尔密卷研究的新武器袖枪成功的刺杀了马克巴尔巴里戈。

但他只是圣殿骑士扶持的一个傀儡而已，刺客们开始寻找其他圣殿骑士首脑的踪迹，艾吉奥单骑闯入西斯廷教堂独自面对教皇，然而获胜的艾吉奥并没有杀死他。

随后艾吉奥将金苹果与宗教十字拼在一起，打开了地下室的隐藏通道，一位自称“密涅瓦”的幻影通过他向未来传递消息：人类将有重大灾难发生。

而艾吉奥这个时候却时一头的雾水。

从罗马回到蒙特里久尼自家庄园的艾吉奥，和刺客组织们讲述了意大利的故事。

然而来自罗马的仇家很快就到了，教皇的儿子，历史上的“毒药公爵”凯撒波吉亚偷袭了庄园，杀害了马里奥叔叔，捉走了艾吉奥的情人凯特琳娜，而艾吉奥也重伤，侥幸逃脱。

在艾吉奥重伤昏迷时，他得到了刺客马基雅弗利的救助，在治好伤势后，他与罗马当地刺客组织开始了对波吉亚家族和圣殿骑士的复仇。

艾吉奥此刻明白，刺客式微，如果想要对抗圣殿骑士必须更多的力量而这些力量必须与权贵为代表的的圣殿骑士相对。

于是打决定从底层民众入手，重建了兄弟会，将刺客的技艺和信仰传递给更多人，携手对抗残暴统治的圣殿骑士。

最后艾吉奥成功的带领了成长起来的兄弟会完成了复仇，并根据金苹果的指引一路追杀凯撒至西班牙，在烈火包围的战场上，杀死了凯撒。

而罗马的活动让艾吉奥得到了“刺客导师”的美名，这也是他刺客生涯中最辉煌的时刻。

随后艾吉奥在整理马里奥叔叔