原体中最早被皇帝找回的一位，帝国的大司战，影月之狼星际军团的基因原体何露斯，投向了混沌邪神的怀抱，发动了背叛皇帝的战争，有一半的星际战士军团和无数的普通士兵及科技神教成员附从他的野心，叛乱者和他们仍然忠诚的兄弟们展开了血腥的搏杀，整个帝国陷入熊熊战火，暗鸦守卫，火蜥军团和钢铁之手三支忠于皇帝的军团在突然的背叛中被重创，而极限战士，黑暗天使和太空野狼军团远离地球不及返回，叛军最终抵达神圣地球，高呼着伪帝去死的口号围攻帝王的宫闱，这场悲剧最后的结局是：皇帝亲手杀死了何露斯，但自己也身受重伤，他被装入时间静止的金棺中，安放在神圣地球的王座上，直到今日——帝王和基因原体的时代就这样结束了，但人类仍然盼望着帝王能够有重新苏醒的那一天，也有许多迹象表明，帝王的精神依然在透过金棺，指引着人类的方向……

混沌军团

何露斯死后，剩余的反叛者遁入了恐惧之眼中，在那里，邪神的力量庇护着他们，也扭曲着他们身体和灵魂，反叛的基因原体大都获得了邪神的眷顾，成为了比起初更强大的恶魔亲王，在此后的一万年里，他们不断的向帝国发动着进攻，企图夺回他们未能得到的一切。何露斯最宠爱的部属，影月之狼第一连的连长阿巴顿，继承了何露斯的地位与遗愿，成为了混沌军团的大司战，谋划着对帝国的进攻，他一共发动了十三次黑色圣战，但以无数星际战士和帝国卫队士兵的牺牲为代价，混沌的力量依然被阻挡在卡第安门之后。

现在，混沌星际战士们的装备比帝国星际战士的稍微落后，但他们有邪神的加持和恶魔的辅助，以及上万年的战斗经验，这使得他们成为银河间最可怕的邪恶士兵，不过，大多数时候混沌军队的主力依然是被邪神诱惑的普通人类士兵——混沌的力量不断的抓住人类灵魂深处的软弱，把他们拉入黑暗的深渊，背叛也许是人类的天性，在帝国一万多年的历史中，来自背后的尖刀总是和来自前方的强敌同样的致命。

现存的混沌星际军团共有九个，他们相互间的差异远比帝国的星际战士军团之间的差异要大，这其中，有信奉鲜血与战争之神恐虐的吞世者，他们会疯狂的挥舞链斧杀入敌群，即使身受重伤也浑然不觉；有失去了肉体只剩下灵魂被禁锢在铠甲中的千疮之子，缓慢而无声的推进，用欺诈之主奸奇的魔法与机械的力量共同播散死亡；有浑身长满脓疱与毒疮的死亡守卫，给他们所到之处带来衰败之主纳垢最致命的瘟疫；还有狂热追寻感官刺激的帝王之子，用刺耳的声波武器来执行色孽的意愿，但也有一些背叛者并不忠于某一个特定的邪神，比如传道者军团，他们将四大邪神作为一个整体来崇拜，并且热衷于在各个星球建立崇拜邪神的信仰，钢铁战士军和午夜领主军团则把依靠邪神和恶魔看作懦弱的行径，而现在改名为黑色军团的影月之狼，他们可以随时感受到某一位邪神的召唤而获得特殊的能力，他们虽然会被恶魔附体，但他们相信那只是暂时，终有一日他们会赢回高贵的自我；甚至还有阿尔法军团这样并不进入恐惧之眼，而是在帝国的疆域中神出鬼没的进行渗透和破坏的军团。

星际军团的再创

何露斯虽然被击败了，但帝国已经满目疮痍，战后，二十基因原体中最擅长治国方略的一位，极限战士军团的原体罗保特?基里曼，领导了帝国的重建，在这个过程中，他主持编撰了叫做阿斯

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