并进行肉搏，荷鲁斯浑身充斥着混沌的毁灭能量，给了帝皇致命一击，但最终，帝皇的意识力占了上风，荷鲁斯被帝皇用尽最后的力量击倒。这个叛徒从身体到灵魂都被完全毁灭，随着他的死亡，叛乱的军团土崩瓦解。当Dorn和他的武士们最终找到战帅的密室时，见到了帝皇残破的躯体，他们悔恨的泪水恸彻地球。RogalDorn，最刚强和果断的基因原体，将他父皇的身体带回地球。在瘫痪的帝皇的指引下，帝皇的身体被装进一个叫做黄金王座的奇形机器里，这是一个灵能增幅器，用灵能者不断地自我献祭来维持帝皇永恒的存在。混沌力量的追随者被击败了，但这个胜利付出了可怕的代价。基因原体们反目成仇，而帝皇对于帝国和人类的伟大设想毁于一旦，人类最终、最美好的希望也永远无法实现了。皇帝建立的人类银河帝国几乎崩溃，之后用了多年它才将所有的叛军击败，并把叛军赶入了地狱般的恐惧之眼。在痛苦地狱般的荷鲁斯大反乱最终平息后，人类死伤总数以十亿计，（有说法称实际上为7万亿人死亡），无数的世界变成了几乎只有死尸和鬼魂的废土，人类走到了灭绝的边缘。

荷鲁斯大反乱揭示了几个早期星际战士军团的基因核缺陷，在伟大圣战时，这些缺陷在为获得应对惨烈战争的恐怖力量而进行的巨大基因重塑中恶化。渗入体内的混沌力量变得可以控制战士走向堕落，将荷鲁斯与一大批星际战士转变，在其命令下与帝皇对抗。当荷鲁斯被击败后，为避免类似的灾祸重现人间，帝国决定重组星际战士。每个星际战士军团被分割成一定数量的战团，其中一个可以继承初创时的军团名号，而其他的则被赋予新的名称。这个事件被称为二次建军，在之后的一万年中，进行了二十四次以上的进一步建军。现在无法准确知道荷鲁斯大反乱后总共建立了多少战团，因为帝国的许多记录不全或者完全遗失，而战团也在随后的千年中不断创建和毁灭。唯一知道的是在帝国境内聚集着超过一千个战团，每一个战团亲如兄弟的杰出武士们都曾为人类服务。

从荷鲁斯大反乱的噩梦中醒来后，今日帝国的基石也被安放。当帝国中央（原文：AdeptusTerra地球部之意）开始运作时，地球高阶领主议会也随之构筑了行星统治者们的封建职权。最重要的一件事是完成了帝国军事力量的重组。此事由极限战士军团的基因原体罗伯特.格里曼一手操办，他以他特有的速度和效率重构了帝国防卫军、帝国海军和星际战士。在他所有的工作中最有影响力的就是阿斯塔特圣典，这本伟大的书卷确立了星际战士战团基本的战术和组织原则。阿斯塔特圣典规定了星际战团在稳定时期内的创建和训练。用来培育将凡人变成强大阿斯塔特星际战士的移植器官的基因银行应受到认真监管。培养的器官应受到最严格的基因纯洁性测试。年轻的新兵被接受前，需接受严格的心理和身体适应性试炼，只能从中选择最高水平的人。在地球上，帝国中央曾创建了制造和存储星际战士基因种子的基因库。那些银行提供创建新星际战士们的基因核，而为了防止交叉感染，每一个旧军团的基因种子现在都被隔离存放。从此以后，新的星际战士战团只能从自己的基因储备中获得基因种子。叛乱军团的混沌星际战士的基因种子被安置在时间静止的封印里，尽管在当时有人坚持这些危险的被污染的基因材料应该被摧毁。通过直接控制基因储备，机械神教的技术僧侣们能够最终控制星际战士。现在他们是唯一有能力凭借自己的意愿创建或摧毁星际战士战团的人。第二次建军的命令在荷鲁斯大乱的七年后颁布，残存的星际战士军团被改组为更小、更具弹性的组织。与旧军团无限制的规模相比，新组织的规模固定在大约1000名阿斯

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