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九月四日，安福国会组织两院选举，到会议员四百三十六人，徐世昌以四百二十五票高票当选为总统。

据说投票前每位议员都领了出席费和一张徐世昌亲笔题名的照片，少数不受控制的议员则以每张票五千元收买，由安福系所办的华通银行付款。

整个大选经费是从日本借款中提出的。议员们在投票后，段内阁分别不同身价聘他们为顾问、咨议，每月送干薪二百元到一千元不等。

九月五日继续选副总统，两院议员到者仅八十八人，因人数不足流会。副总统本有四个人有希望竞选，是冯国璋、段祺瑞、张作霖、曹锟。冯、段已有承诺同时下野，张作霖亦自动放弃，于是只剩下曹锟一人。

交通系主张不要选北洋军人，“以免西南更走极端，俾让徐世昌发动和平”。代言人是旧交通系领袖梁士诒。

北洋部分军人认为梁是广东人，说他是想促成南方人当副总统，梁士诒则说他是希望缓选副座以留待对统一和平有功之人。

梁曾有函致北洋军人申述自己意见书云：“夫主张速选者，本谓选出曹使，则北洋系固结可期。士诒忝厕北洋有年，北洋系之固结，迩年来竭力经营，未尝稍懈。然士诒爱北洋系，而尤爱国家；且爱国家，即所以爱北洋系也。夫主张速选，以固结北洋系者，惟知固结北洋系，而不知因此足令国家分裂。曷言乎足令国家分裂？今日大总统已下令劝和，全国士商，多求罢战，是和平统一已为全国心理所同趋，苟无意外之阻力发生，则和平统一，当可告成。今若速选曹使为副座，则全国士商，不免大起猜疑，将谓中央又复主战，而西南人士，必以为故表对敌之意，是使已熟之和平终于无果。

“此足令国家分裂理由一也。西南对于主座之个人，本是同钦共仰，惟对于主座之选举，犹以违法相攻，今若选曹使为副座则彼等必合个人与选举而并攻之，其终也必至危及主座，若是则政局愈纷，去和平统一愈远矣。此足令国家分裂之理由二也。副座未选之前，则西南犹怀或归己得之望，此望未绝，则和平统一之机尚存。若一旦选出，则此望遂绝，而彼等必自行选举，若是则南北分立之局以成，而和平统一终于无望。此足令国家分裂之理由三也。有此三理由，故士诒主张缓举为有益于时局也。”

梁士诒因此一主张而和直系结怨，日后梁组阁受到的激烈反对，很大部分由此而起。

徐世昌当选总统后有电谦辞，这是北洋政.府官僚们例行地故作姿态。

电云：“国会成立，适值选举总统之期，乃以世昌克膺斯选，世昌爱民爱国，岂后于人，初非沽高蹈之名，并不存畏难之见。惟惓念国家杌陧之形，默察商民颠连之状，质诸当世，返诸藐躬，实有非衰老之躯，所能称职者。并非谦让。实本真诚，谨为我国会暨全国之军民长官并林下诸先生一言，幸垂听焉！民国递嬗，变乱屡经，想望承平，徒存虚愿，但艰危状况，有什佰于当时者。道德不立，威信不行。纪纲不肃，人心不定、国防日亟，边陲之扰乱堪虞、欧战将终