除了上述五项重点改革以外，小萝莉还对总督府现有的运行体制，进行了大量的优化，尤其是职务分化的部份。

在过去，虽划分出前线镇守府指挥官、支部长和学院长等职务之别，可实际上却没有上下高低之分，皆属支部级的存在。

唯一的例外，也就当初镇守白砂星芜荒洋海眼，充当白砂星支部总指挥的玛兰莉特，拥有本部级的权限。

小萝莉在经过这段时间的观察下来以后，决定对其进行调整，并基于分工的原则划分职务。

位面支部总指挥职务的指挥层级，被小萝莉定为【支本部】级别，负责位面事务的统筹分派与决策

提督和舰娘学院的学院长，依照高等、中等、初等和基础学院的不同，指挥层级分别为总部、本部、支部和分部，负责学院的诸般运作，包含学员、助教和导师的遴选、推荐，以及战时的临时召集等等。

前线镇守府指挥官的指挥层级，被小萝莉定为【本部】级，虽比位面支部总指挥高半级，但仅负责卫戍前线镇守府，确保跨位面传送阵不受破坏，不干涉其它位面事务。

东陵洋、西擎洋等支部的支部长，指挥层级依旧为【支部】级，负责镇守海域之诸般决策，包含各项计划的制定等等。

除此之外，小萝莉还落实了分部的组建，一个支部下设五至十个直属分部，强化其对海掌控能力。

各分部设分部长，指挥层级定为【分部】级，高于提督自行组建的【特分部】，负责统筹邻近海域镇守之提督，并执行支部所下达之命令。

上述各部均增设秘书舰一名，负责一般事务之汇整与执行，秘书舰下设作战、情报、监察、通讯、后勤等五个职务。

作战官负责制定作战计划，包含应急预案之策定，以及提督和舰娘的训练。

情报官负责情报搜集与汇整，其中也包含提督和舰娘的个资审查，以及对深海与其他敌人之反情报工作。

监察官负责地方宪兵队之指挥，监控提督和舰娘的不法行径，并拥有相关之执法权。

通讯官负责协调联络等诸般事宜，其中也包含作战命令的下达等等。

后勤官负责资源调配与会计审查等事宜，其中也包含提督与舰娘的薪俸、补贴之发放。

这些职务底下，各置一个标准作战编队的舰娘编制，用以协助其进行各项作业。

另外，小萝莉还针对各级指挥部设置所谓的税收。

以分部为例，在对分部成员下达各项任务以后，最终收益的三成必须上缴上级支部，五成留作分部运转之资源，剩下的两成则汇入分部的独立金库当中，由分部长统筹分配。

分部如此，支部、本部亦然。

以贡献度和任务积分作为任务奖励，从