省与宰相分离，使中书门下成为宰相府署，独立于三省机构之上。

在这种体制下，中书门下直接指挥诸使、诸郡、诸军执行政令，宰相对于行政事务的干预越来越强，甚至直接下行过去由尚书六部处理的事务。宰相与君主的联系更多的作为“参总庶务”的政务官，而不再是“坐而论道”的咨询者。

这是称得上是君相关系和国家权力运作方式的重大转变。而宋前期，也是实施宰相主管民政，枢密使主管军政，三司使主管财政。而神宗官制改革后，宰相实际兼管财政。南渡后，宰相又兼任枢密使，兼管军政。这样宰相再次握有民政、财政和军政的大权。

赵昺为此还进行了下一步安排，他保留了皇帝任命丞相的权力，并将权力进一步拆分。中书门下省和尚书省又不设主官，却由两相分领即是防止出现宰相专权，从而导致出现独相的问题。而为了解决部门间各自为政的问题，他沿袭了中枢部门的首脑官署和正副宰相集体处理政事的做法。

所以实际上国家的最高权力是掌握在‘群相’的手中，而政事堂才是最高权力机构。赵昺久烦于政事，因此早就一改日日早朝，为五日小朝、朔望大朝。那么正好借此形成旬日开政事堂议论国家大事，朔望召开大朝会，如此是官员可以有更多的时间处理公务，而不是天天拜见皇帝。而他自然也能偷闲，参加大朝会更多的是表明自己还活着，仍然是国家的最高元首。

能够参加政事堂会议的，赵昺设想分为三种：一种是日常会议，另一种是常务会议，再一种是扩大会议。

日常会议由中书门下省左右两相、尚书省左右两相、知枢密院使及御史台御史大夫参加，对国家日常政务进行讨论，做出决策后形成文书报皇帝审核批准后执行，轮流由中书门下省和尚书省主持讨论；常务会议则由皇帝参加并主持，对近期发生的重大事件进行讨论和做出决策。

至于扩大会议，就是对常务会议上有较大争议难以做出决策，或是在突发重大事件，需要相关部门提供参考意见或参与决策时，将增加参会人数，听取他们的意见，并参与表决。而为了避免出现混乱，赵昺吸取前人的经验，认为必须限定参与人的资格。

当然无论哪种会议，在出现争论时，他保留了‘拍板’的权力。而赵昺也让枢密院保持了独立性，防止相权侵夺军权，又让武人有了参与政事的机会，从而防止文官不顾实际情况，妄自发动战争或裁撤军队，减少开支，给国家造成不可挽回的损失。而皇帝将军权完全掌握在手中，也能够平衡朝局，保证权力斗争中多一张底牌。

对于司法机构，赵昺基本沿袭了过去的惯例。商周时期，中央司法官之名为大理，即“整理律法之官”，此“大理”非云南大理自治州的那个“大理”。至秦汉时期，大理改名为“九卿”中的廷尉。廷尉的职能是掌管天下刑狱之事，廷尉的办公之处又叫廷尉署。

但是从汉代的几个皇帝，如汉景帝和汉献帝就想着搞复古运动，将廷尉重新改为大理，不过每次改完又改回来了。直到北齐时期，皇帝最终将廷尉改名大理，并冠以“寺”之级别，使得大理寺正式成为中央司法机关，位列“九卿”之一。

论职权，到当时为止，审判、核查的司法职权都是掌握在大理寺之手

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