由于波风水门执政期间发生过九尾破封事件，再加上只有宇智波一族的血继限界可以控制九尾，因此许多人都把宇智波一族列不信任对象，不只如此连身为顾问团的水户门炎、转寝小春皆抱持同样的看法，不过这无法完全撼动波风水门与宇智波一族交好的想法，甚至曾任三代火影的猿飞日斩也完全支持波风水门的做法，顾问团虽然可以发表意见却不得过于干涉火影的决定，所以这件事最终只能不了了之。

志村团藏在年少时代虽说曾与宇智波镜共同奋战，但始终无法改变他对宇智波一族深痛恶绝的想法，就连他自己也不知道自己为什么这么厌恶宇智波，也许是因为宇智波泉奈当着他所有同期的面拆穿他的真实想法，又也许他是因为嫉妒宇智波镜可以轻易得到扉间老师的关注，才会让自己怎么看宇智波都不顺眼吧。

他不懂明明扉间老师对宇智波一族防备甚深，为什么却又这么信赖着宇智波镜？直到他撞见宇智波镜与扉间老师在火影办公室里那一幕后，他才终于相信村子里有关二代火影与其夫人是政治婚姻的传言确有其事，因而加深他对宇智波厌恶感，至此，一路恶化至今。

既然无法说服波风水门继续实行二代火影所留下的「对宇智波一族隔离」政策，志村团藏只能另想他法让自己底下的「根」去监视宇智波一族，然而并没有发现宇智波一族有什么可疑举动，他们依旧如往常一样做好警备部队的工作，另一方面同样被监视的宇智波闇巳也没有什么可让他抓住的把柄，然后随着年岁增长，宇智波闇巳越发越像死去多年的宇智波斑，这让志村团藏更加心生不悦。

他不喜欢力量无法掌握在自己手里的感觉，如果不是轮回眼太过珍贵又难以控制，他才不会退居其次选择使用写轮眼，而且考虑到非宇智波一族之人移植写轮眼会消耗自身体力与查克拉等其它因素，初代火影的细胞更是非取不可，所以在很早以前志村团藏便提供材料给予大蛇丸研究如何同时拥有写轮眼与木遁两大血继限界能力，直到大蛇丸私下研究木遁秘术一事曝光不得不叛逃出村，也因此双方的合作关系也就这么彻底断绝了。

志村团藏的办公桌前摆放两张忍者登录资料，他们分别是药师野乃宇与药师兜，前者曾是他底下的一名成员并拥有「行走的巫女」的称号，后来她退出「根」转而担任木叶孤儿院的院长照顾那些因各种因素失去父母与流离失所的孩子们，后者则是药师野乃宇外出时在荒郊野外带回来的孤儿，这名孤儿住进孤儿院未满半年就展现出高超的医疗天赋，就连医疗班也大大称赞这个孩子将来会是一个优秀的医疗忍者，只可惜他已分别向药师野乃宇及药师兜下达杀死对方命令，无论今天是哪一个人丧命在哪一个人的手中，另一个人也不可能活下来。

后来事情的发展正如志村团藏所想那样，药师野乃宇在不知药师兜真正长相的情况下接下刺杀当时也在岩隐村担任间谍的药师兜，以至于引发了再难挽回的悲剧。

『你的经历没有变，你仍是那位在『桔梗岭之战』被木叶孤儿院长药师野乃宇带回来养大的孩子。』

『新的药师兜就从今天正式诞生。』

『我叫大蛇丸，如果你想知道你自己是谁，那就来到我身边吧。』

药师兜以大蛇丸赋予的新身份重新回到木叶忍者村，所有人都把他当成药师野乃宇

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