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突如其来出现的深海栖舰，导致世界逐渐步向灭亡。即使是最新型的雷达也无法探测深海栖舰，大型火炮起不了作用，人类在无法对抗的情况下失去了海路与空路的控制权。

中尉以驱逐舰船员身分出海……搭乘的船被战舰RU级击沉，不仅失去了挚友岩柱，自己也受到重伤。就在他觉悟一死时，九九舰轰出现在头上，轰炸攻势赶走了深海栖舰，使其撤退。

中尉看到在海面上引弓搭箭的美丽少女。

那是他与瑞凤的相遇。

季节来到樱花季──

在神秘的九九舰轰支援下奇迹生还的中尉，被总司令徵召来到总司令部，并因为「看得到那个」而被拔擢成为镇守府的提督。

升官成为菜鸟少校的他，以提督身分造访镇守府。

在到任之前，提督被九九舰轰的声音吸引来到演习场，再次与海上的少女相遇。

「我是瑞凤！虽然是轻型航母，但只要能提升熟练度，就有机会如同标准航母那样活跃！」

她自称为舰娘。舰娘看起来尽管跟人类没两样，却是不同的存在，据说能够装备舣装，拥有对抗深海栖舰的力量。

因为手表坏了，提督到任时严重迟到。

在司令室等待他的是标准航母加贺，虽然态度稳重且貌美，却是个有著彷佛老练士兵锐利眼光的舰娘。

为了维护部队的纪律，提督决定要处罚自己跑步。

虽然是要绕镇守府跑九十九圈的严苛罚则，但他的个性认真。镇守府的舰娘们有些兴致勃勃、有些担忧、有些为他打气。尽管差点没了半条命，但他还是跑完全程。

加贺虽然傻眼地表示「做到这种程度究竟有什么意义？」最后仍报以温柔话语。

纵使手法拙劣，中尉似乎依旧博得了舰娘们信赖。

隔天起，加贺就以不是秘书官，而是秘书「舰」的身分，教导提督许多事情。

让他看了许多战斗纪录，也带领他到工厂……