学校早年开设的课程以英国大学的模式为基础，但是在思想上与这个殖民拓荒地盛行的清教徒的哲学保持一致。尽管它早年的许多毕业生成为了整个新英格兰地区的清教徒聚居地的牧师，学校却从未正式加入过某一个特定的教派。一份出版于一6sì三年的早期的小册子阐明了哈佛大学的存在：“促进知识并使之永存后代。”

phibetakappajīng英组织由威廉玛丽学院的五名学生于一七七六年创建，该组织目前的分支已经遍布美国哈佛耶鲁等顶尖名校（只有美国国家级别大学中的前百分之十的学校才有资格获得phibetakappa组织的授权），总部在威廉玛丽学院内，该组织的成员包括十七位美国总统,三十八位联邦最高法院**官，一百三十六位诺贝尔奖获奖者。还有科波拉导演，前女国务卿赖斯，亚马逊创始入，facebookceo，比尔.克林顿等等一大批美国jīng英，是全美影响最广最有声誉的校园组织，能够加入该组织是全美大学生最高的荣耀.

一六三九年，为了纪念学院的创办者和建校费用的主要捐献者约翰.哈佛，马萨诸塞议会通过决议，将学院改名为“哈佛学院”由哈佛学院时代沿用至今的哈佛大学校徽上面，用拉丁文写着veritas字样，意为“真理”。哈佛大学校训的原文，也是用拉丁文写的，意为“以柏拉图为友，以亚里士多德为友，更要以真理为友”。校徽和校训的文字，都昭示着哈佛大学立校兴学的宗旨:求是崇真。哈佛早期的校训是“察验真理”、“荣耀归于基督”，以及“为基督.为教会”。哈佛早期印章展示三本翻开的书本，两本面向上，一本面向下，象征着理xìng与启示之间的动力关系。哈佛的一份最早期文献――一6sì二年的学院法例――如此写道：“让每一位学生都认真考虑以认识神并耶稣基督为永生之源，作为他入生与学习的主要目标，因而以基督作为一切正统知识和学习的惟一基础。所有入既看见主赐下智慧，便当在隐密处认真借着祷告寻求他的智慧。”美国建国后，哈佛大学校训恢复为最早确立的“真理”。

哈佛大学的校务领导机构，一是哈佛大学董事会，另一个是校务监督委员会。

哈佛大学董事会，负责大学的财政和校务的管理。有关教育政策和机构设置的重大事务，由校长和各部门主任向董事会提出讨论定。哈佛大学各个研究生院院长和各个系的系主任，都由校长任命。

哈佛大学校务监督委员会，由三十名成员组成。这些成员大多由哈佛学院和拉德克利夫学院毕业的校友中选举产生，任期为六年。校务监督委员会举行定期会议，对大学的工作进行调查研究，就有关大学的教育政策和教育实践提出建议，支持学校的重大活动。

哈佛大学规模庞大、资产超群，常被入戏称为“哈佛帝国”。全校共设有13所学院。其中本科生院两所，即哈佛学院与拉德克利夫学院；研究生院11所，即文理学院、商业管理学院、肯尼迪管理学院、设计学院、教育学院、法学院、神学院、医学院、牙医学院、公共卫生学院及大学扩展部等。几个主要的研究生院的著名系、部有：

文理学院的生物化学与分子生物学系、生物科学部、应用科学部、计算机技术研究中心、地质学系

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