伊斯兰祈祷团”是印尼政府多次镇压都未能消灭的印尼头号恐怖分子他们是一群亡命之徒，讲究建立纯正的“伊斯兰教国家”。巴厘岛西方游客众多，又是印尼国内唯一主要信奉印度教为主的地区，一旦涉及到国际和宗教问题，都是极为敏感的政治话题，巴厘岛政府对此十分头痛，只能向首都雅加达求助。

可是雅加达方面这天也在为国内同时出现的两大袭击事件乱作一团，根本无暇他顾。5月11号巴厘岛大爆炸后一天，印尼国内分离主义最严重的两个地区――亚齐省和东帝汶省同时爆发了多宗袭击当地军警的严重事件。印尼亚齐省是荷兰统治印尼时，殖民者唯一没能全部占领的地区。当地经济落后但民风彪悍，反抗外来统治者的意志十分坚定。

二战后，被日本人赶跑的荷兰人还企图重新将印尼归入自己的版图，1945-1949年新生的印尼共和国和荷兰殖民者进行了长达四年的独立战争，亚齐是首先完全独立的地区。因此亚齐人对自己的独立地位非常自豪。印尼独立后亚齐虽然自愿加入了印尼联邦，但这些年亚齐内部的独立意识逐渐抬头，印尼中央政府只好对该地区采取恩威并举的措施。一边宣布亚齐为高度自治地区，一边派遣大批军警进入亚齐，大力镇压该地的独立倾向，而亚齐当地的武装反抗也愈加激烈，其中最出名的一支独立派别武装就是“自由亚齐运动”。

东帝汶的问题则更加复杂，1975年之前东帝汶都是葡萄牙殖民地和托管地，可以说除了和印尼的西帝汶省接壤外，二者间并没有直接关系。二战后世界民族独立运动兴起，加上葡萄牙国力衰弱，无暇顾及它在东方的这块殖民地，东帝汶趁机宣布独立，这其中独立武装中比较有代表性的是东帝汶独立**阵线（简称革阵）。

1975年11月革阵宣布独立，12月印尼就趁机出兵占领了东帝汶。印尼这种趁火打劫的行为受到国际社会和联合国的一致谴责，但当时的执政者苏哈托沉醉在开疆拓土的荣誉中，他又正处在军事强人执政的顶峰，于是顶住压力强占了东帝汶达20年之久。不过甫独立就又被占领的东帝汶如何肯低头，境内的独立运动此起彼伏，印尼军方不得不每年布置大量的部队在那里进行军事管制。

5月12日本来是普拉博沃预定对印尼爪哇岛、棉兰岛等处华人聚集区动手的日子，谁料到这天拂晓，亚齐和东帝汶这两处位于印尼一东一西国家两端的外岛同时传来发生了袭击军警的噩耗。亚齐省比地亚一向是“自由亚齐运动”游击队活跃的地区，印尼军方在这里常年驻扎着一个营的兵力，这天凌晨，一支进入茂密丛林中巡逻的50多人队伍突然和营部失去了联系，从最后步话机里传来的声音判断，应该是受到了伏击。还没等军方从震惊中恢复过来派兵支援，营区所在的周围就响起了密集的枪炮声。

虽然从枪声中军方判断对方使用了十几种枪枝，其中不少还是二战中使用的老古董，明显是老对手“自由亚齐运动”的游击队。对方军事素质很低，子弹大部分打空，但和往常不同的是，这次枪声中居然还夹杂着一发发火箭炮一时间竟把印尼正规军队压在营地里抬不起头来等军方组织好反击火力后，对方一阵哨声立即撤退的无影无踪。憋了一肚子火的印尼军队冲进密林中搜索时，只找回失踪的五十多名军人的残骸。最令人生畏的是他们的人头全部被砍了下来，高高的吊在树枝上震慑着印尼军方