sp;1937年7月芦沟桥事变发生，中国抗日战争全面爆发。

1938年7月由中国东北调至华中，担任日第11军司令官，指挥进攻武汉等。

1940年3月回国任军事参议官。转年4月，晋升为陆军大将。

1941年7月就任日华北方面军司令官。此后，指挥日伪军对华北各抗日根据地进行了多次“扫荡”作战。

1941年12月8日日本联合舰队偷袭美国珍珠港，太平洋战争爆发。

1942年6月日军在中途岛战役中受到重创，太平洋战场主动权转入盟军之手。

1944年1月为了加强中国大陆的日军与南洋日军的联系，日大本营制定打通平汉、粤汉和湘桂铁路的“1号作战”具体计划。4月一5月，冈村指挥华北日军发动河南作战一占领郑州、洛阳。

1944年8月转任日第6方面军司令官，指挥日军进攻广西。11月，相继占领桂林、柳州、南宁等地。

1944年11月下旬就任日本“中国派遣军”总司令官，指挥除东北和台湾之外的全部侵华日军。

1945年3月下旬至4月底命令以日第12军为主力，发动老河口作战，并占领豫西鄂北一些重要城镇。

19454月下旬至6月上旬令第6方面军发动芷江战役，遭到挫败。

1945年7月26日中、美、英三国《波茨坦公告》发表，敦促日本无条件投降。

1945年8月美国于6日在广岛投下第1颗原子弹；8日，苏联宣布与日本处于战争状态，9日零时起百万苏军向中国东北突入；9日上午，美国向长崎投下第2颗原子弹。

10日，日本表示接受《波茨坦公告》；15日，天皇发表停战诏书，宣布无条件投降。

1945年9月2日盟国在停泊于东京湾的美国“密苏里”号战列舰上举行投降签字仪式。日本外相重光葵代表日本天皇和日本政府，陆军参谋总长梅津美治郎代表大本营在投降书上签字。

1945年9月9日中国战区日军投降签字仪式在南京举行。冈村宁次代表其“中国派遣军”和驻台湾、越南北部的日军在投降书上签字。

1945年9月12日至1948年3月底冈村先后以“中国战区日本官兵善后总联络部长官”和“联络班长”等名义，被中国政府软禁在南京，除协助遣返日军、日侨外，还充当国民党军事当局的秘密军事顾问。

1948年3月底被解往上海候审。1948年8月中旬被正式送进上海战犯监狱，但不久以“保外就医”名义