自己斩草除根，将足利义辉永久消灭的念头。

永禄八年（1565）五月二十三日，历史上永禄之变的四天后，足利义辉被迫屈服于三好家和松永家的大军，将将军之位让与足利义荣。而他本人，则被松永久秀软禁在岛城内。而朝廷也很识时务，很快就下旨认可了足利义荣的将军之位，还在松永久秀的暗中要求下赐予他山城守护代的职务。而山城国和京都，也被名正言顺的松永久秀控制住了，三好家只得退兵离开。

就当松永久秀以为大功告成之时，足利义辉却再次证明了自己不是省油的的灯。

在家臣细川藤孝和六角家的和田惟正等人的营救下，足利义辉居然从戒备森严的岛城里逃了出来，而且还带着嫡长子足利辉若丸一同离开！

气急败坏的松永久秀立刻派人追击，却受阻于六角家的军队，眼睁睁地看着足利义辉从他的眼皮子底下飞了。他立刻派出使者再次联络三好家，要求三好家一同出兵，同他一起讨伐藏匿足利义辉的六角家却被三好义贤一口回绝。

松永久秀立刻意识到了足利义辉逃跑这件事，与三好家必定脱不了干系。他派出忍者前去调查，居然发现岛城的守卫有不少人在足利义辉逃走的那天玩忽职守放走了足利义辉，又在之后不久逃之夭夭。松永久秀本以为他们是畏罪潜逃，可是却在三好家的居城饭盛山城之内发现了其中几人的踪迹。事情已经很清楚了，正是三好义贤指示他们放走了足利义辉到六角家。

而一心想要复兴足利幕府的足利义辉，果然在逃离险境后立刻宣布松永久秀是叛逆，他所拥立的足利义荣也是“伪将军”，要求各地大名骑兵讨伐松永久秀，替他夺回二条御所。

恍然大悟的松永久秀终于意识到了问题。三好义贤之所以拱手将山城国让给他，就是想将他推到风口浪尖上，放在火上烤。可是当时的他权欲熏心，满脑子想着都是控制天下的权力中枢二条御所和朝廷。靠着阴谋取得山城国控制权的松永久秀搬石砸脚，成为了各地大名的靶子，也成了足利义辉的目标。