一向一揆的主要组成部分都是当地的百姓，领导者则是本愿寺的僧人和僧兵。大名在镇压了一向一揆后，最多也就是惩罚领导的本愿寺势力，而不会追究这些百姓毕竟还要靠他们种地纳税。然而，织田信长这次却表现得异乎寻常地强硬，居然派出部队去找寻逃回乡间的百姓。不过，织田信长虽然强硬，但是他手下的武士们却不敢造次，只是随便抓了那么几十上百个人回来交差。

然而，看到手下们如此应付自己的织田信长却是暴跳如雷，将所有抓捕不力的家臣都给骂了个狗血淋头。气愤不已的织田信长把火气全部撒在了石部城上，六角家甚至连半天都没有撑住，就再次狼狈地逃向了甲贺山区里。

而织田信长似乎在平定了南近江的叛乱后还是不解气，居然率军直奔比山而去。见状惊恐不已的比山延历寺匆忙把之前派去骚扰织田家部队的僧兵全部收回，派出使者向织田信长道歉，希望平息矛盾。然而，织田信长这两年被一向一揆闹得焦头烂额，早就对和尚极为不爽比山延历寺居然之前还派人来骚扰织田家，更是火上浇油。于是，织田信长断然拒绝了延历寺的求和请求，率军围住了比山，还让位于摄津、河内前线的佐久间信盛、雨秋平率军参战，参与对延历寺的围剿。

比山延历寺一直是佛门禁地，是天下无数信徒眼中的圣地，在日本的地位就和麦加至于穆斯林那样重要。眼看这样的寺庙要遭遇兵灾，足利义辉立刻坐不住了，应延历寺的要求赶来调停，却被气头上的织田信长一股脑地拒绝。而天皇见到大事不妙，居然连续派出三波公卿赶来劝说织田信长，然而织田信长这次却连天皇的面子也没有给。他在九月十一日傍晚的评定会议上，直接下达了攻取比山的命令，立刻让营帐内炸了锅。