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而NAZI

HYDRA杀死托尼·斯塔克的父亲霍华德·斯塔克，而没有被消灭。**政权倒台后，九头蛇渗透进神盾局中，利用神盾局的旗号制造恐慌混乱，从战争中获得利益。后来因为推翻神盾局暴露，但使得神盾局被迫隐藏。而正统的九头蛇组织则是NAZI

HYDRA分离出**后的主要支柱。

在秘密帝国中，美国队长利用齐塔瑞人大军大举进攻地球的机会，将惊奇队长、蓝惊奇、亥伯龙、阿尔法战队等一众最强的英雄引向太空，并用行星护卫屏障将他们彻底与地球隔绝；同时，神盾局在索科维亚的行动部队被九头蛇渗透，使九头蛇彻底占领索科维亚；接着，泽莫男爵领导的邪恶军团袭击曼哈顿，复仇者等大量英雄前去迎战，在战斗途中，一道暗力力场将大量超级英雄隔绝在纽约城内。最后，美国队长指派已经被九头蛇完全控制的神盾局天空母舰驾临华盛顿，彻底夺取了美国的控制权。

此后，美国队长出任九头蛇最高指挥官，成为美国实际上的最高***统治者。

他招募死侍、模仿大师、黑蚁，第三代蚁人埃里克·奥格雷迪的生命模仿替身）和克隆章鱼博士，为幻视注入病毒将其控制，同时以被宇宙立方修改过的雷神之锤劝诱失去雷神之力的奥丁森，并用冥神控制了绯红女巫，组建九头蛇复仇者。

他在美国实施极权统治，利用封锁新阿提兰的异人族、新天的变种人和黑豹的瓦坎达，甚至短暂地复活了在内战2.0中被杀死的布鲁斯·班纳，带领军队不断追剿由钢铁侠、鹰眼、山姆·威尔逊等英雄组成的地下反抗军和由黑寡妇带领的冠军小队。

期间，黑寡妇为了保护迈尔斯·莫拉莱斯而被史蒂夫失手杀死，而冠军小队也被囚禁。同时，九头蛇还在秘密收集宇宙立方的碎片以期改写历史、塑造属于九头蛇的世界。

被莎伦·卡特的暗杀行动激怒的史蒂夫发动了战争，拘押黑豹、俘虏新天领导白皇后。然而与此同时，山姆和钢铁侠却在解放新阿提兰时，通过一位能够具现化物体的异人找到了最后一块宇宙魔方的碎片，利用它的力量和被拘禁的英雄们里应外合，类星体成功突破了行星护盾，让阿尔法战队等超级英雄回归地球；迷途知返的死侍向玛利亚·希尔提供了暗力力场核心·黑视的坐标，由于黑视的死，被困在曼哈顿的新复仇者也得以解放。

在重新出任美国队长的山姆·威尔逊的带领下，地下反抗军、新复仇者、终极战队、阿尔法战队、银河护卫队集结，向九头蛇复仇者及九头蛇大军发起决战。同时，身处九头蛇母舰的白皇后和万磁王也发起反抗，让黑豹成功逃脱。

战斗途中，终于不堪忍受与同伴反目的奥丁森掀起反旗，而黑蚁和模仿大师也决定帮助英雄们而释放了冠军小队。蜘蛛侠等分散在世界各地的英雄也纷纷赶来支援，局势逐渐逆转。

但这时，史蒂夫身着以宇宙魔方为能源、原本由托尼·斯塔克为美国队长设计的装甲现身，以宇宙立方的强大实力击败所有英雄并成功重塑世界，从山姆·威尔逊处取得了最后一块宇宙立方碎片。

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