;叶尔羌汗国的奠基者是察合台后裔赛依德，他是东察合台汗国满速尔汗的三弟。

为争夺权利，联合另一兄长赫力烈在伊犁河谷和七河流域发动暴乱反对满速尔汗，并颠覆了亦力把里政权。

不久，暴乱被满速尔汗平定，赫力烈被杀，赛依德逃亡到帕米尔高原，并控制了费尔干盆地。

由于在塔里木盆地以南扩张的屡次受挫，他逃往阿富汗的喀布尔城，投奔远亲帖木儿的后裔巴布尔。

1512年，赛依德随巴布尔的军队回到撒马尔罕城。

但1512年，乌孜别克军队攻占费尔干盆地，巴布尔军溃败。赛依德再次进入塔里木盆地南缘。

1512年秋，赛依德率兵攻占阿图什，切断了阿克苏与喀什的联系，围困了杜格拉部的统治者阿巴拜克。

暴君阿巴拜克被困三个月，突围逃往叶尔羌城。

1513年，喀什、阿克苏、叶尔羌相继被赛依德的军队攻陷。

在叶尔羌城城被攻陷前阿巴拜克让位给儿子，自己携大批财宝外逃，他将大批财宝倒入喀浪沽河，企图拖延赛依德军队追击的速度。

但他仍旧在昆仑山被俘，在押往叶尔羌的途中被秘密处死。

1514年9月，赛依德正式称汗，定都叶尔羌，建立了叶尔羌汗国。

随着东察合台汗国的衰微，叶尔羌汗国的势力渗入伊犁河谷和巴尔喀什湖一带。

1516年，满速尔汗向赛依德称臣。

之后，赛依德相继征服了巴达克山和帕米尔高原南部的瓦罕地区，并一度深入到今巴基斯坦俾路支地区。

随后赛依德领兵进攻克什米尔，突入克什米尔腹地，并逼近克什米尔都城，但不久遭到当地军民的反抗。

1533年，赛依德撤军，病死在返回叶尔羌的途中，汗位的继承权引发统治阶级内部纷争。

汗国宰相阴谋篡权未遂，被赛依德汗的长子拉失德处死。

1533年，拉失德成为叶尔羌汗国的第二代汗。他是一个对文化活动相当重视的君主，叶尔羌汗国进入了文化繁荣期。

他在位期间，其妻子阿玛尼沙罕开始组编《木卡姆》，为后人留下了宝贵的文化财富。

1570年，热西德死后，其子阿不都克里木继位。

当东察合台汗国的沙汗战死后，阿不都克里木趁机出兵占领吐鲁番、哈密等东部地区，重新统一西域。

穆罕默德之后，其子艾合买提有过短时间执政。

拉失德的九子阿不杜热依木进军叶尔羌企图称汗，但在阿克苏遭到打击。